Tâm ý thờ phượng núi Phú Sĩ bén rễ đâm chồi từ Thần đạo - tôn giáo bản địa định hình văn hóa và tư tưởng của Nhật Bản. Trong tín ngưỡng Thần đạo, tất cả sự vật đều có linh hồn và có thể trở thành “Thần” (Kami 神) từ những hiện diện trong tự nhiên như cây cối, sông suối, đất đá, thú vật đến những hiện tượng như mưa gió, sấm chớp, và con người chỉ đơn thuần là một yếu tố trong dòng chảy sáng tạo vĩ đại này. Giả thuyết cho rằng, tâm ý thờ phượng núi Phú Sĩ chính thức bắt nguồn từ năm 27 TCN, khi người dân quá kinh hãi trước đợt phun trào dữ dội của ngọn núi nên đã xây dựng ngôi đền Fujisan Hongu Sengen Taisha ở chân núi. Tuy nhiên cũng có giả thuyết khác ghi rằng Fujisan Hongu Sengen Taisha được xây dựng vào năm 806. Sengen Taisha thờ phượng Konohana Sakuya Hime - nữ thần của những đóa hoa nở, biểu tượng cho cuộc sống thanh nhã chốn phàm trần của con người Nhật Bản. Người dân tin tưởng sự bảo hộ của Konohana Sakuya Hime sẽ giúp trấn áp cơn thịnh nộ của ngọn núi. Sau đợt phun trào, họ nhanh chóng nhận ra sức mạnh khủng khiếp của ngọn núi lửa này, như H. Byron Earhart - một học giả lỗi lạc nghiên cứu về tôn giáo Nhật Bản - viết trong “Núi Phú Sĩ: Biểu tượng của Nhật Bản”: “Sức mạnh của ngọn núi có thể hủy diệt sự sống xung quanh nó, nhưng cũng chính nguồn nước đầy sinh khí của nó đã mang đến sự màu mỡ và lúa gạo.” Có 8 ngôi đền Thần đạo quan trọng cùng với hàng trăm ngôi đền nhỏ khác được xây dựng rải rác ở chân núi Phú Sĩ, khiến ngọn núi này luôn mang sắc màu huyền bí.
Tương truyền, pháp sư En no Gyoja là người đầu tiên thực hiện chuyến hành hương lên đỉnh núi Phú Sĩ vào khoảng năm 700, nhưng cũng có nghiên cứu chỉ ra rằng những chuyến hành hương đầu tiên bắt đầu từ thế kỉ 12 - 13. Đến thế kỉ 15, núi Phú Sĩ trở thành địa điểm tín ngưỡng nổi tiếng nhưng khi đó, phụ nữ không được phép đặt chân lên núi vì theo quan điểm Thần đạo, phụ nữ là nguồn gốc của sự ô uế (Kegare - 汚れ). Giáo phái Fujiko thờ phượng Thần linh ngự ở ngọn núi cũng thành lập vào thời gian này với sự dẫn dắt của Hasegawa Kakugyo. Nhiều nghi lễ thanh tẩy trong Thần đạo cũng như thờ phượng trong Phật giáo đã được diễn ra tại đây từ bao thế kỉ nay.
Hàng ngàn năm đã trôi qua, sự tôn kính vượt thời gian của Nhật Bản dành cho núi Phú Sĩ vẫn không ngừng khiến những người bạn ngoại quốc tò mò. Nhưng dù cố gắng tìm hiểu đến đâu, thậm chí ngay cả khi chinh phục ngọn núi, cảm nhận bằng da bằng thịt bầu không khí uy linh nhuốm màu huyền hoặc, chúng ta vẫn chỉ có thể chạm đến tầng nổi trên cùng của ý niệm tín ngưỡng mang đầy tính bản địa này.
